Kleinere Funde weisen darauf hin, dass Meggen bereits sehr früh besiedelt war. Meggen wurde im Jahre 1064 erstmals erwähnt und erlebte eine wechselvolle Geschichte. Ein Teil des Orts war allerdings schon sehr früh Teil der Besitzungen des Benediktinerklosters im Hof in Luzern und fiel später ans Kloster Murbach im Elsass.

Über die Herkunft des Ortsnamens Meggen gibt es verschiedene Interpretationen. Für die einen leitet er sich aus dem keltischen Wort «Magedun» ab, für andere vom Personennamen «Meco / Meggo». Erwiesen ist immerhin, dass Meggen (oder Mecken) zum ersten Mal im Jahre 1064 erwähnt wird. Die Habsburger überliessen damals das vom Kloster Murbach verpachtete Meggen dem Kloster Muri zur Nutzniessung. 1306 wurde Meggen vom Kloster Murbach an die Habsburger verkauft.

Die Habsburger errichteten um 1200 auf der noch heute bestehenden Altstadinsel eine einfache Burg, um von dort aus den Gütertransport zwischen den Waldstätten und der Marktstadt Luzern kontrollieren zu können. Was den Luzernern allerdings wenig behagte, weshalb sie um 1240 die Burg eroberten und zerstörten. Auch die Burg «Neuhabsburg», welche die Habsburger um 1242 erbauten, blieb von den Zeitereignissen mit der Gründung der Eidgenossenschaft nicht verschont. Am Pfingsttag im Jahre 1357 «verbranden und zerstörten die Burger von Lucern un ir Eidgenossen die Waldlüte die Burg zu Habsburg», wie im Bürgerbuch Luzerns zu lesen ist. Damit nahm der Einfluss der Habsburger ab und Meggen wurde 1406 luzernisch und somit eidgenössisch. Danach blieb die Gemeinde von kriegerischen Ereignissen weitgehend verschont.

Die Organisation der Gemeinde war über Jahrhunderte einfach strukturiert. An der Spitze standen bis Ende des 18. Jahrhunderts ein Weibel oder ein Untervogt als Stellvertreter der Landeshoheit, welche die gerichtlichen und obrigkeitlichen Befehle zu vollziehen hatten. Erst mit dem Einmarsch der Franzosen (1798) änderte sich das politische System. Das Untertanenverhältnis wurde aufgehoben und die Volkssouveränität anerkannt. Am 18. Mai 1800 bestellte die Bürgerschaft von Meggen erstmals ihre Gemeindebehörde. Die Wahlurkunde ist überschrieben mit den Worten «Freiheit – Gleichheit».